关卡:40号行动(OPERATION 40),美国对古巴发动猪湾行动(即历史上的“吉隆滩之战”),游戏中的剧情和历史不同,CIA特工亚历克斯·梅森(Alex Mason,本作主角)和队友伍兹(Woods)、鲍曼(Bowman)组成了代号40的小组奉命刺杀古巴领导人菲德尔·卡斯特罗(Fidel Castro)。行动非常顺利,三人顺利杀入卡斯特罗官邸内部,梅森亲手枪毙卡斯特罗,之后三人顺利登上逃亡的飞机,但是在飞机因机场跑道被敌人用车辆堵塞而无法起飞,梅森毅然跳下飞机利用路边的防空炮击毁路障,飞机顺利起飞逃走,但梅森却被古巴军队抓获。梅森醒来后,发现自己在海边,旁边有一艘写有“水中仙女”号(Rusalka)的大货轮(这实际上就是德拉格维奇发布广播的秘密通讯基地),而卡斯特罗竟活生生站在自己面前,另外还有德拉格维奇和克拉夫琴科。

通过谈话得知,卡斯特罗早已知道CIA的刺杀计划,梅森杀死的只不过是个替身,之后卡斯特罗将梅森当做“礼物”交给德拉格维奇,并请德拉格维奇折磨梅森。梅森被送到了沃尔库塔集中营,在这里德拉格维奇和斯坦纳博士似乎有另一个秘密研究,对某些犯人进行洗脑,让其为自己服务。由于梅森本就是CIA特工,很适合拿来作杀人工具,于是被实施了洗脑,灌输了刺杀美国总统肯尼迪的命令,同时还在大脑里植入了一套密码破译程序。

但是梅森具有超强的意志,对德拉格维奇的命令并没有很明确的反应,于是判定对的洗脑失败了,斯坦纳博士放弃了梅森,将他送回集中营,负责拖回去的正是雷泽诺夫。雷泽诺夫一心想要报仇(德拉格维奇不止一次背叛,而且迪米特里的仇也要报),但是凭自己似乎实力不足,于是当发现梅森被洗脑的事情后,就对梅森灌输了“德拉格维奇、克拉夫琴科、斯坦纳都必须死!”的思想。日后梅森与雷泽诺夫相识,并和其成为了好朋友,雷泽诺夫计划将梅森送出去。而梅森自己对于被洗脑的事情一无所知。